香港中文大学（深圳）音乐学院的第一任院长经过全球招聘和层层遴选，最终决定聘任世界知名作曲家、音乐教育家叶小钢教授为音乐学院的第一任院长。

叶小纲出身于音乐世家，1978年考入中央音乐学院作曲系，现为中国音乐家协会主席。代表作品有《星光》、《大地之歌》、《鲁迅》、《最后的乐园》、《地平线》等。

香港中文大学（深圳）音乐学院在2021年将招收音乐表演专业的本科生，这是音乐学院的第一批本科生。

音乐表演专业将会分为2个方向进行招生，分别是器乐（钢琴、小提琴）方向、声乐（美声）方向，此次招生并非全国招生，仅招收广东省音乐术科统考的艺术类考生。

2021年，香港中文大学（深圳）音乐学院将会先行在广东省进行第一批音乐表演本科的招生。该批学生成功修毕4年本科课程后，将会获颁香港中文大学学士学位的文凭。

2024年深圳音乐学院将会启用永久校园。该校园位于深圳市龙岗区国际大学园区内，紧邻香港中文大学（深圳）校区